Szczecińska Policja Wodna od lat współpracuje z takimi podmiotami jak Straż Miejska, WOPR, Urzędem Żeglugi Śródlądowej oraz innymi. Wspólne służby, szkolenia oraz wymiana informacji z rożnymi instytucjami pozwalają na jeszcze lepsze, kompleksowe zabezpieczenie szczecińskich akwenów pod względem bezpieczeństwa oraz skuteczniejszą ochronę środowiska naturalnego.